Erstmals tauchte die Burg gesichert im Jahr 1340 als Isenberch auf. 
Sie befand sich damals in Händen der Edelfreien von Hohenegg, einem bedeutenden Westallgäuer Adelsgeschlecht. Historische Erwägungen sprechen für eine Erbauung der Burg in den Jahren um 1315, denn im frühen 14. Jahrhundert gerieten die nahe Vils und Pinswang auf den Burgen Loch und Vilsegg residierenden Hohenegger in gewaltige Auseinandersetzungen mit den expansiv ausgreifenden Tiroler Landesfürsten. 

Nachdem die Hohenegger gemeinsam mit den Grafen von Montfort-Bregenz den Nordosten Tirols verwüstet hatten, nahmen die Tiroler kurz vor 1315 die strategisch hervorragend gelegene Höhlenburg Loch gewaltsam ein. Peter von Hohenegg reagierte auf den Verlust seiner Burg, indem er einige Kilometer nach Norden zog und in Sichtweite der Tiroler Burg zu Pfronten (Falkenstein) eine Herrschaft schuf, deren Zentrum eine unübersehbare, gewaltige Mantelmauerburg bildete. 

Die wuchtig und dynamisch aufsteigenden Mauermassen der neuen Burg sind allein durch ihren Zweck, dem spektakulären Falkenstein eine ebenbürtige Burg gegenüber zu stellen, zu erklären und zu verstehen.

1382 verkaufte Bertold von Hohenegg Burg und Herrschaft an Herzog Leopold III. von Österreich, der nach dem Tod Bertolds dessen Schwiegersohn Friedrich von Freyberg um 1390 mit Burg und Herrschaft belehnte. Durch den Erwerb der Herrschaft Eisenberg besaßen die Österreicher nun eine Besitzenklave auf schwäbischem Boden. 

1525 wurde die Burg im Bauernkrieg kurzfristig von den Bauern besetzt und beschädigt. Zehn Jahre später verbaute Werner Volker von Freyberg-Eisenberg deren Entschädigungszahlungen an der Burg, die nun prächtiger ausgestattet wurde. Am 15. September 1646, kurz vor Ende des Dreißigjährigen Krieges, wurde Eisenberg gemeinsam mit Hohenfreyberg und Falkenstein von der Tiroler Landesregierung im Zuge einer "Politik der verbrannten Erde" niedergebrannt und blieb seitdem Ruine. Ab 1980 konnte der örtliche Burgenverein mit großem Engagement das inzwischen in Gemeindeeigentum übergegangene Gemäuer vor dem gänzlichen Verfall retten.