Als Bertold von Hohenegg 1382 seine (ehemals eigene) Herrschaft Eisenberg von Erzherzog Leopold von Österreich als Lehen empfing, wird in der Urkunde keine Kirche erwähnt. In den Jahrzehnten danach dürften dann die Freyberger eine erste Kirche in Zell errichtet haben. Als Patron wählten sie St. Moritz, der schon früh zum Schutzheiligen des ritterlichen Adels erhoben worden war.
Zell war anfangs nur eine von Hopfen abhängige Kuratie und die Geistlichen dementsprechend nur Kapläne. Als erster wird uns namentlich 1545 ein Oswald Keller genannt.
Diese Geistlichen hatten es nicht leicht. Ihre Einkünfte waren so gering, dass sie sich hier nur schwerlich halten konnten. Das änderte sich erst in den Jahren danach, als Mitglieder der Familie von Freyberg-Eisenberg Ende des 17. Jahrhundets durch Stiftungen die Kaplanstelle besser ausstatteten. Unter anderem spendete Günther Ferdinand von Freyberg-Eisenberg 32 fl zum Kauf von zwei Kühen und dessen Bruder Werner Philipp von Freyberg-Eisenberg 100 fl für eine bessere Besoldung.
Es ist unschwer zu erkennen, dass die Errichtung einer selbständigen Pfarrei Zell die erklärte Absicht der Freyberger war. Dazu gehörte in der Praxis auch ein eigener Friedhof. Auf Betreiben der Brüder Hans Hektor und Günther Ferdinand von Freyberg-Eisenberg genehmigte Bischof Heinrich dann 1626 Bestattungen in Zell.
Um diese Zeit werden auch die hiesigen Geistlichen immer öfter als "Pfarrer" bezeichnet. Doch kirchenrechtlich war Zell immer noch eine Kuratie mit pfarrlichen Funktionen und Rechten.
Diese unklare Rechtslage führte zu vielfachen Spannungen zwischen Hopfen und Zell. Meist ging es dabei um Zehentabgaben, die beide Geistlichen für sich beanspruchen zu können glaubten. Ein dickes Aktenbündel im Zeller Pfarrarchiv mit Beschwerden, Klagen und Erklärungen gibt heute noch ein beredtes Zeugnis davon.
Am 17. November 1787 endlich wurde diesen unguten Verhältnissen ein Ende bereitet: Durch ein Ordinariats-Dekret erhielt Zell mit den Orten der damaligen Herrschaft Eisenberg den Status einer unabhängigen Pfarrei, St. Moritz wurde Pfarrkirche und die Zeller Geistlichen durften sich nun mit Fug und Recht als Pfarrherrn bezeichnen.
Wie Bauuntersuchungen zeigten, wurde die Pfarrkirche mehrmals umgebaut und vergrößert. Eine dieser Maßnahmen scheint im ersten Drittel des 17. Jahrhunderts erfolgt zu sein. Um 1710 wurde die Chorkuppel erbaut. 1800 war dann der Kirchturm einsturzgefährdet. Er wurde abgerissen und bis 1816 "von Grund aus" neu aufgeführt. Die Baukosten in Höhe von 1.642 fl haben allein Wohltäter erbracht. Eine letzte Erweiterung erfolgte um 1870, als das Langhaus der Kirche auf der Westseite um etwa 4 m verlängert wurde.
Umfangreiche Renovierungsarbeiten fanden dann 1969 bis 1973 statt und die letzte, nicht weniger aufwändige Maßnahme, die besonders auch der Sicherung und Auffrischung der Fresken galt, konnte 2007 abgeschlossen werden.
Wie der Bau des Kirchturms 1816 zeigt, wurden größere Baumaßnahmen durch Spenden bezahlt und sie erscheinen deshalb nicht in den Kirchenrechnungen. Auch die künstlerische Ausschmückung der Kirche ist offenbar auf diese Weise finanziert worden. So erfahren wir nichts über die Künstler und Kunsthandwerker, die dem Gotteshaus sein heutiges Aussehen verliehen haben.
Nur das sehr qualitätvolle Deckenfresko im Langhaus ist signiert. Es wurde 1775 vom fürstbischöflichen Hofmaler Joseph Keller in Pfronten (1740 – 1823) gemalt und zeigt den hl. Joseph als Fürbitter. Über den Balustraden sind Personen – im Gegensatz zu den anderen – portraithaft abgebildet. Vermutlich sind es die Stifter des Feskos, auf der linken Seite Clemens von Freyberg-Eisenberg und seine Frau Ignatia Franziska von Pfuel und ihnen gegenüber ihr Amtmann Johann Baptist Reichert und seine Frau Anna Hacker, jeweils mit ihren Kindern.
Auch die vier Evangelisten in den Zwickeln der Chorraumdecke dürften von Keller gemalt worden sein.
Das längsovale, zentrale Fresko dagegen, das Martyrium des Kirchenpatrons St. Moritz darstellend, stammt von einem nicht namentlich bekannten Künstler. Es war bereits übermalt und konnte bei der letzten Restaurierung wieder freigelegt und ergänzt werden.
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